De Sint-Jan is met 123 meter de langste kerk in Nederland. Van de oudste bouwgeschiedenis, die begon omstreeks 1280, is weinig bekend. De kerk staat op de plaats waar ooit de hofkapel van het kasteel van Gouda was. Daarom staat het zo ingebouwd tussen de stadshuizen eromheen.
Het huidige kerkgebouw, in de vorm van een kruis-basiliek, dateert grotendeels van voor de grote brand van 1552. Elf van de gebrandschilderde ramen zijn ook nog uit de tijd van voor de brand.
De kerk bezit een relatief kleine toren met carillon, waarvan de klokken grotendeels afkomstig zijn uit de beroemde zeventiende-eeuwse klokkengieterij van de gebroeders Hemony.
Tot aan de Reformatie van 1572 was de kerk in gebruik als rooms- katholieke kerk. Verspreid over het middenschip en de zijbeuken stonden minstens 45 altaren, toebehorend aan de Goudse gilden en/of gewijd aan heiligen. Het koorgedeelte, afgescheiden door een monumentaal marmeren koorhek met koperen spijlen uit 1782, was alleen toegankelijk voor de geestelijkheid, hier werd aan het hoofdaltaar de mis opgedragen.
In 1573 werd de kerk toegewezen aan de protestanten. Het kerkgebouw hoort nu bij de Protestantse Kerk Gouda. Twee maal per zondag wordt er een kerkdienst gehouden, meestal in het middenschip. Sinds 1853 zijn hier kerkbanken in een halfronde oplopende vorm om de preekstoel geplaatst.
Het grote orgel aan de westzijde werd van 1732–1736 gebouwd door Jacob François Moreau. Vanwege de grote lengte is de akoestiek van de kerk bijzonder fraai. De ruimte onder het orgel kreeg in 1771 een stucplafond in rococostijl, uitgevoerd door Peter Schauer uit Amsterdam.
In de kerkvloer herinneren vele grafzerken aan een tijd dat er in de kerk werd begraven. Meestal waren dit gegoede burgers. Enkele zeer welgestelden lieten zelfs een grafkapel bouwen. In 1832 vond de laatste begrafenis in de kerk plaats.
In 1934 van de Van der Vormkapel gebouwd, ten behoeve van de Reguliersglazen.
De Sint-Janskerk is gewijd aan Johannes de Doper, de schutspatroon van Gouda. Bij hem horen de symbolische kleuren wit (reinheid, liefde) en rood (lijden), die herhaaldelijk op de glazen maar ook in het Goudse stadswapen zijn te vinden.
bronnen: www.sintjan.com en Wim Denslagen, ‘Gouda’. (Zwolle/Zeist 2001)